突如出現したグランドブラックホール。
セイバートロン星は飲み込まれる危機に陥っていた。
リーダーであるギャラクシーコンボイは地球への避難を決意。
しかしその事は地球には極秘のため、地球の乗り物をスキャンして紛れ込む事にした。
そこに突然表れた時空の番人ベクタープライム。
この宇宙を救うには、創造主プライマスのスパーク（魂）から創られた4つのプラネットフォースと、それを収めるチップスクエアが必要と説く。
突然の事態に困惑する中、デストロン破壊大帝マスターメガトロンが現れ、プラネットフォースのありかを示したマップを強奪。
またその部下スタースクリームの攻撃により、仲間のガードシェルがグランドブラックホールに飲み込まれてしまう。
一方地球では、ガードシェルが山奥に激突。
彼はベクタープライムの手により地球にワープさせられた。
地球の少年コビー達に修理されるガードシェル。
そして次々と合流するサイバトロン。
彼らはコビー達と協力し地球に避難、親睦を深める。
戦いの最中、フォースチップを自分の身体のチップスロットにイグニッション（挿入）することにより新たな力を発揮できる事を知った両軍、宇宙を舞台にプラネットフォースを巡り、サイバトロンとデストロンの戦いは更に激化してゆく。